Nel XVIII sec. l'ordine della Disciplina ottenne il permesso di erigere un oratorio con un'altare per celebrarvi le proprie funzioni religiose. Di questo oratorio non conosciamo nè la data di edificazione e nè chi la realizzò, ma sappiamo solo che essa venne intitolata ai Santi Simone e Giuda.
Nel 1728 l'Oratorio venne abbattuto e al suo posto venne inaugurata una nuova chiesa con la stessa denominazione della precedente, in omaggio ai Filippini, ordine che rimase in possesso della loro parrocchia fino al 1799, anno in cui la Congregazione fu soppressa.
Durante il Regno Italico la chiesa e il convento passarono in proprietà del Comune di Senigallia; fino a quando poi il vescovo di Senigallia, ottenne nuovamente la chiesa e il convento di S.Filippo.
Nel 1904 la chiesa venne intitolata alla Madonna Immacolata. Dopo la ricostruzione dell'edificio in seguito al terremoto del 1930, la chiesa fu arricchita con opere che ricordano la proclamazione del dogma, avvenuta per opera di Papa Pio IX l'8 dicembre del 1854: il grande affresco sulla parete absidale di Atzori e la lunetta in maiolica dello scultore E. Mazzolani, nel portale d’ingresso.
La facciata presenta i canoni dello stile architettonico lombardo: un grande Rosone traforato; un portale grandioso a colonne di pietra che sostengono la cuspide fiorita sotto la quale sono collocate delle figurazioni simboliche, una fuga di esili colonnette che corrono lungo le pendenze del timpano e delle ali laterali e sorreggono il bellissimo cornicione, al sommo del timpano un tempietto protegge la statua dell’Immacolata; le decorazioni della facciata altissima, la quale, elevata con la sua muraglia in mattone rosso, contrasta gentilmente con le ricche terrecotte che le fanno da cornice.