A circa 800 metri dal castello si trova il Convento dei Frati Minori Riformati che la tradizione vuole essere stato fondato da San Francesco nel 1211. II Santo, imbarcatosi nel porto di Ancona per un viaggio verso l'Egitto interrotto quasi subito per una forte tempesta, fu costretto a rientrare in porto e, mentre si dirigeva verso Assisi, vide una piccola costruzione fatiscente e abbandonata, vicino Castel d'Emilio di proprietà dell’Abbazia dei frati camaldolesi di Santa Maria in Castagnola di Chiaravalle, dove un tempo mandava a curare i suoi frati malati; la chiese e la ottenne “in affitto” pagando un canone annuo di due libbre di cera. Questo era il puro spirito francescano per sentirsi “forestieri e pellegrini”.

Nel Convento visse per molti anni, fino alla morte avvenuta il 9 novembre 1418, il Beato Filippo, compiendo numerosi miracoli. Visto il gran numero di fedeli che si recavano ad onorare il Beato Filippo, la chiesa fu ampliata e consacrata nel 1422.

L’architetto Giuseppe Maria Ciaraffoni, allievo del Vanvitelli, nel 1778 ridisegnò totalmente la chiesa, progettandola più grande e più alta ed arricchendo l’interno con eleganti decorazioni architettoniche.

Si formarono nel convento anche il Beato Francesco da Castel d’Emilio, morto nel 1468; Fra Tommaso, che aderì al movimento degli “Spirituali”; Padre Serafino, nominato nel 1861 Ministro della Provincia Riformata Marchigiana; Padre Massimiliano, insegnante di Filosofia e diritto canonico all’Università di Urbino e diversi altri frati missionari in tutto il mondo.

La Chiesa si arricchì di alcuni capolavori come il quadro di Olivuccio di Ciccarello rappresentante il beato Filippo inginocchiato davanti al Crocifisso, ora esposto al Museo Diocesano di Ancona, e il quadro realizzato nel 1508 da Nicola di Maestro Antonio, ora esposto nei Musei Vaticani di Roma. Il quadro, commissionato dal fratello del Papa Pio III, Giacomo Piccolomini Todeschini, Signore di Montemarciano per essere stato miracolosamente guarito da un male ad una gamba, rappresenta la Madonna col Bambino ed i quattro fratelli Piccolomini Todeschini sotto le sembianze dei Santi omonimi: Giacomo, Francesco (Papa Pio III), Andrea ed Antonio; inginocchiato avanti alla Madonna il Beato Filippo.