Il Museo si trova nel complesso del Mercato ittico all'ingrosso e fa parte di quel "Polo museale del Mare" che già comprende il Museo delle Anfore e l'Ittico "Capriotti", accolti nella stessa struttura portuale, e che si estende al Paese alto con la Pinacoteca del Mare ospitata a Palazzo Piacentini e che sta per essere completato con la sezione archeologica dell'Antiquarium (i lavori sono in fase di avvio). il Museo della Civiltà Marinara è organizzato per "unità narrative". Si parte da un cono sonoro che diffonde diversi rumori del mare (dalla bonaccia primaverile alla tempesta invernale).