Il museo è stato riaperto il 6 dicembre 2003 nella nuova sede espositiva di viale Cristoforo Colombo, di fronte alla piazza del Pescatore (una volta sede del Museo Ittico). La singolarità del Museo delle Anfore è quella di riunire anfore diverse per tipologia e cronologia in quanto recuperate lungo tutto il Mediterraneo dalle reti dei motopescherecci della marineria di San Benedetto del Tronto che praticavano la pesca a strascico in aree diverse, dall'Egeo allo Ionio, dal Tirreno al mare di Sicilia e, naturalmente, all'Adriatico. Queste anfore entrarono a far parte della collezione del dottor Giovanni Perotti, che nel 1988 le donò al Comune, e sono giunte fino a noi per raccontare la straordinaria storia del mare Mediterraneo e delle sue civiltà.