È la chiesa dell’omonima confraternita che vi ha sede dal 1301. Il robusto portale, con portone datato 1537, è sormontato dall’affresco della Madonna della Misericordia del XVI sec.. L’interno dell’aula fu arricchito con affreschi di cui sono testimonianza i grandi frammenti sulle pareti: il Martirio di Sant’Apollonia del 1455 è dell’eugubino Jacopo Bedi mentre gli altri presentano elementi riconducibili alla fonte iconografica costituita dalla basilica di San Francesco di Assisi. L’altare maggiore, con baldacchino del XV sec. con I quattro evangelisti, rimarca la nicchia con il gruppo policromo della Madonna della Misericordia. Sui due altari laterali sono le pale di Claudio Ridolfi ritenute del 1625 e la predella con la Strage degli Innocenti di Girolamo Cialdieri del 1634.