La chiesa, denomnata "Collegiata di S. Stefano" è l'antica chiesa di S. Ignazio, appartenuta alla Compagnia di Gesù e progettata, assieme al collegio come un unico complesso organico, dall'architetto padre Giovanni De Rosis attorno alla fine del XVI secolo, ma approvata ufficialmente dal padre Generale dei Gesuiti nel 1616. La prima pietra della costruzione della chiesa, dedicata a S. Ignazio, viene posta dall'arcivescovo di Fermo nell'agosto del 1631 e ultimata a metà del sec. XVII. La chiesa conserva sobrie linee tardo cinquecentesche del porgetto originario senza l'introduzione di alcun elemento barocco.
La chiesa fu abbandonata per oltre un ventennio, dopo il 1773, in seguito alla soppressione della Compagnia di Gesù. Nel 1796 le autorità religiose, per ragioni che oggi appaiono banali e prestestuose, decidono l'abbattimento dell'antica Pieve di S. Stefano, chiesa che era stata elevata a Collegiata insigne da benedetto XIV nel 1754. Così la Collegiata ed il Capitolo vengono trasferiti nella chiesa gesuita di S. Ignazio, la quale, da questo momento, assumerà il titolo di S. Stefano. In seguito al cambio di nome, il quadro raffigurante S. Ignazio, opera del pittore romano Giacinto Brandi, venne rimosso dall'altare maggiore e al suo posto viene collocato il S. Stefano, attribuito alla scuola bolognese del sec XVII. Analoga sorte per tutti i dipinti che raffiguravano santi gesuiti sostituiti con opere provenienti dall'antica pieve demolita. Venne conservato solo il dipinto nella seconda cappella a destra, raffigurante la morte (il transito) di S. Giuseppe, attribuito a Benedetto Luti. Nel sec. XIX sono stati aggiunti: la cantoria dell'organo, costruito dai Bazzani di Venezia nel 1848, e l'altare in pietra ascolana, donato alla Collegiata santese dal vescovo fermano card. De Angelis, rimosso e demolito nel corso dei lavori di ristrutturazione effettuati negli anni Sessanta. Più consistenti modifiche ed interventi ha invece subìto il collegio, nel corso dei secoli XIX e XX.