La presenza delle Sorelle Povere di Santa Chiara a Pollenza risale alla fine del secolo XIII. La comunità si trasferì nell'attuale monastero il 30 aprile del 1556, grazie alla generosità dal nobile tolentinate Giovanni Greco che lasciò in eredità la villa di proprietà a condizione che, una volta trasformata in monastero, venisse innalzata una Chiesa consacrata a San Giuseppe. I lavori furono portati a termine nel 1562. 
Anche questo Monastero subì le soppressioni dell’Ottocento e le monache dovettero lasciare la clausura e
dedicarsi ad un educandato femminile. Nel 1942 ritornarono al Monastero, accettando la clausura papale con i voti solenni. Nel 1985 la Chiesa è diventata Santuario diocesano.
La Chiesa presenta un suggestivo portale adornato da bassorilievi; nell’intero, a tre navate, si conservano altari lignei in stile barocco, in uno dei quali sono custoditi i resti mortali del martire San Giacinto; pregevole è la pala sopra l’altare maggiore che ritrae il Transito di San Giuseppe.

Il Monastero è oggi abitato da una comunità di monache clarisse. Dispone di una foresteria in autogestione attigua alla chiesa e di una casa di accoglienza situata in un edificio retrostante ma collegato al monastero. È presente inoltre un orto privato.

La comunità ha posto, per propria scelta, un'attenzione particolare verso l'accoglienza, oltre che svolgere una piccola attività di tipografia. Ospita generalmente gruppi di giovani, verso i quali è fortemente orientata, per ritiri e giornate di formazione, con contatti prevalentemente a carattere locale. Inoltre, su richiesta, le Monache preparano bomboniere per matrimoni e comunioni e confezionano oggetti ricamati; in occasione di feste preparano ottimi dolci, come i crostini di mandorle e torte.