La chiesa di San Francesco di Civitanova Marche, costruita con il titolo di Santa Maria Maddalena, e divenuta in seguito chiesa di Santa Maria e San Francesco, risale al XIII secolo anche se la sua attuale configurazione è derivata dai successivi rimaneggiamenti avvenuti intorno alla metà del settecento. L'anno 1769 segna, come testimonia un'epigrafe posta all'estradosso dell'arco maggiore, la data di fine dei lavori di sopraelevazione, di realizzazione del tamburo, della cupola a pianta ovoidale, della lanterna e della nuova configurazione dell'intrera aula. Probabilmente a questo periodo risale l'organo, oprera di Pietro Nacchini. Il ricco apparato decorativo in stucco è attribuito all’anconetano Gioacchino Varlè. Le cappelle delle famiglie Centofiorini, Natinguerra e Frisciotti vengono realizzate prima della trasformazione settecentesca e poi accorpate alla fabbrica esistente come spazi commemorativi. Appartenevano all'impianto originario trecentesco i resti della decorazione romanico-gotica sui fianchi, il portale gotico in pietra lavorata con arco ogivale e la torre campanaria, risalente alla seconda metà del quattrocento ed attribuita al veneziano Marino di Marco Cedrino. Dopo la soppressione degli ordini religiosi, nell’ottocento la chiesa fu abbandonata ed adibita a deposito comunale.
Fortemente danneggiata nel sisma umbro – marchigiano del 1997, è stata oggetto di un sapiente restauro ed oggi la chiesa di S.Francesco è adibita a spazio multimediale, per convegni, proiezioni, mostre, in un ampio  progetto di “Museo Diffuso” della Regione Marche.