La Chiesa del Gonfalone é stata riaperta al pubblico il 22 marzo 2014 dopo il restauro a cura della Fondazione Cassa di Risparmio di Fano, iniziato nel 2009.
All'interno si ammira un soffitto a cassettoni di epoca baroccesca con stucchi dipinti in finto marmo, il cui restauro nel 2013 ha riportato alla luce
un magnifico affresco raffigurante il Giudizio Universale, presente nella controfacciata della chiesa.
Questa rappresentazione di notevole impatto é dominata da un Cristo Giudice in una mandorla di luce fra cherubini e serafini, mentre eletti e dannati sono
divisi dall'Arcangelo Michele intento a pesare le loro anime. Quest'opera corale, tra il colto e il popolaresco è stata attribuita dagli esperti a Stefano Folchetti
di San Ginesio, pittore marchigiano attivo fra Quattro e Cinquecento, la cui opera fu notevolmente influenzata da Vittore Crivelli.
Altri tesori della chiesa sono un'Assunzione di Maria, di pittore ignoto del Seicento, un Sant'Antonio da Padova di Giovan Francesco Guerrieri da Fossombrone e
la tela Deposizione di Cristo dalla Croce attribuita alla scuola del Perugino.