Come si presenta oggi, la chiesa di S. Francesco in Rovereto è un tipico esempio di chiesa ad aula tardogotica, risalente alla prima metà del secolo XV.
Alta e severa, la spoglia torre campanaria a pianta quadrata è un'aggiunta più tarda che si addossa al lato occidentale dell’abside, contribuendo a renderne più mosso l’insieme. La semplice facciata, sufficientemente integra, risulta delimitata ai lati da due robusti contrafforti a parasta ed è caratterizzata da un finestrone circolare con cornice ornamentale in cotto, sovrastato da un candido altorilievo in pietra con l’immagine di S. Francesco benedicente. Semplice il portale ad arco acuto con il sovrapposto arcone di scarico dove ha trovato posto l’iscrizione settecentesca che ricorda le indulgenze concesse ai fedeli da Papa Clemente XIV.
L’interno, come si legge nella scritta superstite posta sull’arco trionfale, fu portato a termine da M° Marco da Saltara nel 1434, ed era francescanamente caratterizzato dalla spoglia nudità delle pareti laterali, parzialmente ricoperte poi di affreschi fra tardo Quattrocento e primo Cinquecento, oltre che dalla superstite nuda copertura a grandi capriate lignee. L’abside semipoligonale è ancora oggi ripartita da colonnette pseudotortili, convergenti verso il centro della volta, fino all’ogiva dell’arco terminale. L’interesse maggiore per il visitatore è dato dai tre grandi riquadri affrescati che occupano la parte superiore della suddetta abside (al centro la Crocifissione, e sui due lati S. Pietro, S. Paolo e Santa Mustiola; S. Sebastiano, S. Francesco e il Beato Galeotto Roberto Malatesta, morto quest’ultimo nel 1432): affreschi attribuiti a M° Antonio da Pesaro (Giovanni Antonio Bellinzoni) che li avrebbe realizzati intorno al 1436.
Gli affreschi delle pareti laterali, largamente danneggiati e riaffiorati solo in tempi recenti lungo le pareti, vengono invece attribuiti a tale M° Paolo da Serrungarina che ebbe ad operare nella chiesa fra la fine del ‘400 e i primi anni del ‘500. Vanno soprattutto ricordati un S. Bonaventura con l’albero della Redenzione datato 1490, le figure accostate di San Sebastiano e S. Rocco e una Madonna in trono con il Bambino. Degna di nota per fastosità è l’imponente cantoria barocca in legno intagliato addossata alla controfacciata, così come tutto quanto sopravvive dell’artistico apparato decorativo aggiunto fra ‘600 e ‘700: in particolare i grandi altari lignei intagliati e dorati e il grandioso ciborio posto a coronamento dell’altare maggiore.
 Il dipinto più interessante resta  la Tela dei Cordiglieri, grande, complesso quadro commissionato dalla Congregazione dei Cordiglieri di Saltara nel 1593 ad un artista di scuola baroccesca. 
Addossato alla fiancata occidentale della chiesa, oltre la quale sporge formando un dente, è l’edificio conventuale del finire del sec. XV. Oggi il convento è abitato dalle suore.