La chiesa di Sant'Andrea in Concattedrale (Duomo) fu edificata nel 1258 dai frati Agostiniani. Modificata nel corso dei secoli, conserva l'antica torre campanaria romanico-gotica. L'interno, a tre navate, presenta elementi barocchi e neoclassici. Custodisce tele di Terenzio Terenzi detto il Rondolino (1575-1621), di Giovanni Francesco Ferri (1701-1775), di Gian Andrea Urbani (?-1632) discepolo del Barocci, di Luca Giordano detto il "Fapresto" (1634-1705), di Jean Boulanger (1606-1660) discepolo del Reni, di Giovanni Anastasi (1623-1704).
Importanti un Crocifisso dipinto su tavola del XIV secolo, attribuito allo Pseudo Palmerucci e un altro Crocifisso in terracotta del XVI secolo. Di notevole interesse altari, statue e manufatti in legno: l'Angelo Custode (sec. XVII), la Madonna dei Sette Dolori e il Cristo Morto (sec. XVII-XVIII), un Crocifisso (sec. XVIII), la Gloria e la Macchina Processionale dei Santi Protettori (sec. XVIII).
Notevole il Reliquiario del Capo di San Secondo, fine lavoro di oreficeria gotica in rame dorato, argento e smalti del XV secolo. Sempre a Pergola si trova la chiesa di San Giacomo dei sec. XIII-XVIII che è attigua al Convento delle Agostiniane oggi sede del "Museo dei Bronzi Dorati e della Città di Pergola".