La chiesa nasce nel 1603 per il voto della città di Urbino, inteso a propiziare la nascita di un erede maschio al Duca Francesco Maria II della Rovere. Su disegno dell’architetto Muzio Oddi, i lavori di costruzione iniziarono nel 1612 e finirono due anni più tardi. Nel 1708, la chiesa fu acquisita dalla congregazione del Corpus Domini, che ne fece la propria sede e vi rimase fino al 1759. E’ in questo periodo che l’edificio si arricchisce di lesene, cornici, festoni decorativi e di tutti quei simboli che caratterizzavano la confraternita. Il prospetto è sovrastato da un timpano triangolare e decorato dalle due statue della Fede e della Speranza: nel fastigio appare l’emblema a raggi di San Francesco di Paola. Sopra il portale si nota il simbolo della compagnia accompagnato dalle iniziali di Teodoro Giusti, suo benefattore. L’interno è costituito da un'aula non molto vasta e dal nicchione a fondo piano dell'altar maggiore. Il disegno architettonico consiste nelle paraste polistili corinzie, al di sopra delle quali corre un fregio con cornicione d'imposta per un soffitto a volta molto ribassata, invaso da una decorazione in stucco tardo-cinquecentesca, opera dello stuccatore Marcello Sparzi, mentre gli affreschi barocchi sono di Antonio Viviani. Il soffitto è ricco di immagini allegoriche, che rappresentano le Virtù, e di dipinti con le storie del santo, mentre il medaglione centrale raffigura la Gloria. All’altar maggiore, sotto una Natività del Viviani, campeggia la pala di Michelangelo Dolci, che raffigura il santo titolare. Lungo le pareti si ammirano varie statue scolpite da Agostino Capelli.