La chiesa di S. Maria della Misericordia si affaccia direttamente sulla piazza centrale del paese di S. Elpidio a Mare ed è oggi la sede dell'Accademia Organistica Elpidiense. Iniziata nel 1575, presenta all'esterno un portale ligneo e due meridiane in alto. Al suo interno si conserva una ricca collezione di dipinti del Pomarancio, la tela di Andrea Lilli del 1602 raffigurante Il Miracolo di Santa Marta, gli affreschi di Andrea Boscoli del 1603 e tre tele con Lo Sposalizio della Vergine, La Natività e La Madonna della Misericordia nella parte dell’abside. Al XVIII secolo risalgono le due cantorie lignee con gli organi del Maestro veneto Pietro Nacchini del 1757 e del suo allievo Gaetano Callido del 1785.