Il Museo Pontificio della Santa Casa è collocato nel braccio occidentale del Palazzo Apostolico, negli ambienti del primo piano un tempo adibiti a foresteria e ad uso di rappresentanza. Il Museo conserva un vasto ed eterogeneo patrimonio di arte e di fede proveniente dalla Basilica o donato alla Santa Casa nel corso dei secoli, a testimonianza della fama e del prestigio di cui gode il Santuario lauretano in tutto il mondo. Fra le varie raccolte d’arte esposte, segnaliamo le nove tele di Lorenzo Lotto (1480-1556ca) che decoravano, in gran parte, l’antica Cappella del Coro della Basilica, alcune delle quali eseguite dal pittore negli ultimi anni della sua vita, conclusasi presso il Santuario, come oblato della Santa Casa, e i cartoni preparatori per gli affreschi della cupola, realizzati da Cesare Maccari (1480-1919). Inoltre, dipinti su tavola o tela, quasi tutti a carattere religioso, che ornavano gli altari della Basilica, la maggior parte realizzati nella seconda metà del secolo XVI, le due prestigiose collezione di maioliche da farmacia, uscite da botteghe urbinati nei secoli XVI e XVII, in uso presso la Spezieria della Santa Casa, i dieci arazzi fiamminghi realizzati nel 1620-1624 su cartoni raffaelleschi (secolo XVII), lo splendido arredo d’altare in corallo di manifattura trapanese (secoli XVI – XVII), di notevole valore artistico, donato il 5 gennaio 1722 dal principe Caracciolo d’Avellino al Santuario della Santa Casa. Degne di nota le collezioni di arte contemporanea, immagini e oggetti di pietà popolare, tra i quali oggetti di oreficeria provenienti dall’Antico Tesoro della Santa Casa, la raccolta di tavolette di bosso utilizzate un tempo per il tatuaggio religioso, le tavolette votive dei secoli XVII-XIX offerte al Santuario dai fedeli, a ricordo di qualche particolare grazia ottenuta per intercessione della Vergine.