L'istituzione dell'Orto Botanico risale al 1809 ad opera del botanico Giovanni De Brignoli; fu realizzato nel "grande orto" del Convento di San Francesco e la sua fondazione ebbe una grande risonanza nelle vicissitudini storiche della città.

L'Orto si estende per circa duemiladuecento mq su un'area inclinata suddivisa in tre terrazzamenti. Nel primo, adibito in parte ad arboreto, è presente in posizione centrale la grande serra per il ricovero e la coltivazione di piante che necessitano del riparo invernale. Nel retro di essa si possono osservare alcuni degli alberi monumentali presenti in Orto, tra cui un leccio (Quercus ilex), un acero (Acer pseudo-platanus), un tasso (Taxus baccata), ecc. Sono presenti altre due piccole serre, due vasche con specie acquatiche e un settore dedicato alle piante medicinali (Hortus simplicium).

Il secondo e il terzo terrazzamento sono strutturati in numerose e strette aiuole dove trovano dimora piante erbacee di vario interesse, classificate seguendo il sistema linneano. Si segnalano piante arboree monumentali importanti anche in questo settore: un faggio (Fagus sylvatica), un ginkgo (Ginkgo biloba), un abete rosso (Picea excelsa) e un tasso (Taxus baccata).

Annualmente si provvede alla compilazione dell' Index Seminum.