La Chiesa di S. Onofrio sorse con l’annesso monastero su quella francescana di San Girolamo, risalente al 1407. Nel 1478, restaurata dalla nobildonna fabrianese Anna Silvestri Flori, fu intitolata a S. Onofrio. Al suo interno si possono ammirare pregevoli opere lignee; un crocefisso di fine 300 di scuola tedesca, che colpisce per la straordinaria intensità e nel contempo per il crudo realismo con cui è stato eseguito; una Ecce Home quattrocentesca ed un affresco del scolo XV attribuito al maestro di Staffolo, al culmine della Scala Santa. Nella Chiesa, nel 1913, vi fu collocata la Scala Santa, che, secondo la tradizione, comprende alcuni frammenti dei gradini della Scala Santa di Roma, ottenuti, nel 1769 con speciale concessione del papa Clemente XIV, da Padre Innocenzo Bontempi per la Chiesa di S. Francesco. Demolita quest’ultima nel 1913, la Scala fu ricostruita nella Chiesa di Sant’Onofrio.
La Scala Santa rappresenta una delle reliquie della passione di Cristo più venerata, dove i pellegrini perpetuano l'uso di salire i gradini in ginocchio, consuetudine anta nel 1450.