L'edificio risale al XIII secolo, quando si iniziò ad urbanizzare la Terravecchia, ovvero quella parte di terreno appena fuori dalla primitiva cerchia muraria. Venne ricostruita interamente dai frati Apostoliti alla fine del ‘500, e successivamente nella seconda metà del ‘600 ristrutturata e modificata dai Padri Filippini, che introdussero al suo interno lo stile Barocco. Presenta una sobria facciata,lineare e classicheggiante ma all'interno è sfavillante di stucchi nella particolare coloritura bianco-oro. Il prospetto principale è in cotto, decorata da un bassorilievo marmoreo del secolo XVI raffigurante il “Battesimo di Cristo”. Le cappelle interne, di cui tre con copertura a botte, sono il frutto di interventi successivi. Vi si conservano varie opere d'arte, fra cui la preziosa icona del “Sangue Giusto”, affresco del 1333 attribuito a Pietro da Rimini. Le colonne di marmo che compongono la balaustra dell’altare maggiore, furono fatte arrivare da Roma dal Cardinale Cybo. Nell'edificio troviamo, poi, numerosi dipinti, busti e decorazioni, tra cui una tela di Gian Giacomo Duti, Noli me tangere del 1602, copia di un'opera di Federico Barocci del 1596 (conservata agli Uffizi); la sedia lignea appartenuta a San Filippo Neri, intagliata nel sec. XVII dall'urbinate A. Giardini e due leoncini in legno del sec. XIV.