La chiesa di San Giovanni fu costruita nel 1625 su disegno dell'architetto canonico Rosato Rosati, che la volle simile allo schema da lui ideato per San Carlo Catinari a Roma. Il suo stile rispecchia quello dell'Ordine dei Gesuiti: interno a croce latina, una sola navata spaziosissima, cappelle laterali profonde (fra esse si distinguomo quelle dedicate a S. Francesco Saverio e quella di S. Ignazio), una cupola imponente con una lanterna molto alta e un campanile a piani variamente articolati. Inoltre la decorazione dell'interno è ricca di marmi policromi e ornamenti che creano spazi illusori, tipici dell'arte barocca.