Di ridotte dimensioni è caratterizzato da una lunga vicenda storica, ha origini da un'antica cappella votiva eretta nel 1447, in un solo giorno, per allontanare il pericolo della peste. L'attuale edificio venne costruito in varie fasi. Fu innalzata attorno all'affresco rappresentante la Madonna della Misericordia, che era sul muro dell'orto del Vescovo, in piazza del Duomo. Nel 1734 è stata ricostruita su disegno dell'architetto Luigi Vanvitelli, e decorata da Francesco Mancini e Sebastiano Conca, con storie della vita di Maria in un misurato stile settecentesco ricco di colore. Il Vanvitelli compie la grande impresa di racchiudere in poco spazio, un santuario dalle splendide forme, ricco di luce, affreschi, stucchi e marmi policromici che ben si armonizzano con il ricco pavimento. Sulle pareti della navatella vi sono quattro grandi tele: Annunciazione,Visitazione, Presentazione di Maria bambina al Tempio e purificazione dell' artista Francesco Mancini. Sull' altare campeggia la veneratissima immagine della madonna della Misericordia, attribuita a Giovanni Spagna, in atto di proteggere il popolo inginocchiato ai suoi piedi. Lungo l' ambulacro Storie di Maria, sette grandi affreschi di Biagio Biagetti la cui opera non si è però limitata solo a ciò. Nella sacrestia si custodisce il bozzetto del Conca per la Trinità e una Madonna di scuola bizantina dipinta su tela. Le ali semicircolari della facciata vennero aggiunte nel 1893 da Giuseppe Rossi, mentre l'ambulacro è opera di Biagio Biagietti nel 1921, che rappresentato la vita di Gesù con moderne intrusioni in stile liberty. Più tardi vengono aggiunti i portichetti esterni e le cancellate in ferro battuto, e nel 1952, le porte in bronzo del Cantalamessa.
Nei sotterranei della basilica si trova il museo diocesano "La Misericordia", dove sono disposti oggetti liturgici pregiati, di argenteria e orificeria (calici, pissidi, ostensori, turiboli, carteglorie, reliquiari ) per lo più donati al santuario da benefattori (prelati, cardinali, vescovi) dal 1600 ai nostri giorni.