È l'edificio più antico della città di Jesi, documentato fin dal XII sec. Le originali forme romaniche vennero rimaneggiate nel XIV sec. con l'aggiunta di elementi gotici. L'interno, a tre navate absidate, presenta una prevalenza di volte a crociera costolonate sostenute da pilastri compositi; richiamano invece lo stile romanico le navate laterali introdotte da archi a tutto sesto. Degli affreschi realizzati nella prima metà del XVI sec. rimangono solo poche ed illeggibili tracce. Da San Nicolò proviene tra l'altro l'affresco di Pietro da Rimini raffigurante San Francesco (1333), oggi conservato alla Galleria Nazionale di Urbino, e L'Icona del Sangue Giusto, oggi conservata presso la chiesa di San Giovanni Battista. Particolarmente originale è la decorazione esterna del complesso absidale che presenta una successione di archetti pensili a goccia. Di estrema semplicità è la facciata a due spioventi al cui centro si apre un portale ad arco senese in marmo policromo e ghiera in laterizio a spina. L’ edificio, oggi di propietà de PP. Carmelitani , è aperto in occasione di mostre e convegni.