La Chiesa di Santa Maria delle Grazie (già Chiesa di S. Francesco), è quella che maggiormente ha segnato la storia del popolo cristiano pesarese. 
Officiata dai Padri Servi di Maria, il cui Ordine risale al 1233 e che abitano nel retrostante convento, la chiesa, connessa con le origini dell'insediamento francescano pesarese, venne consacrata a San Francesco nel 1359.
Nel Settecento la chiesa subì una radicale trasformazione sia all'interno, risolto in una tipica chiesa conventuale piena di stucchi e di colonne marmoree, sia all'esterno, come testimonia l'ampia e scalza facciata settecentesca in cotto su cui spicca - unico superstite dell'originaria chiesa malatestiana - il mirabile portale gotico del medesimo stile dei portali delle chiese di Sant'Agostino e di San Domenico, per quanto diversi nella parte ornamentale.
Gli ornati portali tardo-trecenteschi che arricchiscono la facciata delle chiese dei tre ordini religiosi - francescano, domenicano e agostiniano - insediatisi a Pesaro nel corso del Duecento, sono gli unici notevoli monumenti scultorei pesaresi d'età romanica e gotica giunti sino a noi.
Il portale della chiesa di San Francesco, in pietra bianca e marmo rosso di Verona, è generalmente considerato il più antico. L'attuale dedizione di santuario della Madonna delle Grazie fu donato nel 1922, quando vi è stata trasferita la venerata immagine della beata Vergine delle Grazie, fino allora conservata nella chiesa dei Servi.
L'interno ha tre navate e nove altari, con dipinti dei sec. XVI-XIX.