La cripta di Sant’Emidio situata in corrispondenza della navata centrale dell’omonimo Duomo è accessibile dall’interno della chiesa stessa tramite una scala collocata in fondo alla navata laterale sinistra. La realizzazione della cripta risale all’XI secolo e fu voluta dal vescovo Bernardo II per custodire le reliquie di Sant'Emidio, inserite in un sarcofago romano del sec. IV. . Nel 1704 vennero apportate modifiche per opera di Giuseppe Giosafatti al fine di portare la sua forma da semicircolare a quadrangolare, per rialzare il soffitto e aggiungervi ventotto colonne di marmo rosso di Verona e un gruppo marmoreo. La cripta è internamente divisa in sette navate di piccole dimensioni impreziosita da sessantatre colonne di travertino e di marmo. Al 1700 risalgono le decorazioni delle lunette delle volte ad opera di D. Tommaso Nardini e il gruppo marmoreo di Giosafatti con S. Emidio che battezza Polisia.